În cartea sa cu titlul Meteorele (1882), Policarp Rammidis, fost egumen al Sfintei Mănăstiri „a Marelui Meteor" amintește, fără a face, însă, trimitere la vreo sursă, că stânca lui Rousanou a fost locuită, pentru prima oară, în anul 1388, de către un monah pe nume Nicodim, care, împreună cu Benedict, tovarășul său întru ale nevoinței, au solicitat Protosului Schitului de la stâncile Kalambakei permisiunea de a ridica pe stânca Rousanou un lăcaș de închinăciune cu hramul „Schimbarea la Față a Mântuitorului".
Ulterior, timp de aproximativ 140 de ani, stânca lui Rousanou a rămas nelocuită, fiind trecută sub jurisdicția Sfintei Mănăstiri „a Marelui Meteor".
Prima mențiune istorică pe care o avem la dispoziție este cea din Cronica Meteorelor, din care aflăm că în mănăstirea, de acum pustiită, a lui Rousanou își găsise adăpost un credincios din zonă, în jurul anului 1527.
Ctitori oficiali ai Sfintei Mănăstiri sunt, însă, considerați frații comărturisitori Ioasaf și Maxim, ieromonahi de origine din zona Ioanninei. Între anii 1527-1529, aceștia au cerut și primit permisiunea de a se așeza și de a se nevoi pe stânca lui Rousanou.
Referitor la construcțiile deja existente pe stâncă, în epoca în care au ajuns aici primii ctitori, nu cunoaștem aproape nimic. Cu siguranță, acestea trebuie să fi fost puține la număr, cel mai probabil un lăcaș de închinăciune, câteva spații auxiliare și chilii, dar într-o stare deplorabilă, părăginite și pustii, după cum aflăm din scrisoarea testamentară a ctitorilor.
Conform celor cuprinse în testament, așadar, imediat ce s-au instalat aici, cei doi anahoreți s-au mobilizat intens. Astfel, într-o primă fază, ei au refăcut din temelii vechiul și de acum șubrezitul lăcaș de închinăciune al mănăstirii, cu hramul „Schimbarea la Față a Mântuitorului". Mai apoi, au clădit chilii și spații auxiliare, dotând mănăstirea cu toate cele necesare pentru administrarea bunurilor deținute (moșii, vii, grădini, mori, animale), precum și cu odoare sfinte (vase liturgice, veșminte preoțești, cărți, manuscrise și altele). Au organizat, prin urmare, mănăstirea sub forma unei comunități cu reguli severe, prevederile regulamentului de funcționare a acesteia fiind cuprinse și în testamentul lor, care reflectă exemplul lor de viață ascetică și nevoință personală.
În sfârșit, cei doi au stabilit și care aveau să fie raporturile mănăstirii cu episcopul de Stagon (Kalambaka), precum și obligațiile acesteia față de egumenul Sfintei Mănăstiri „a Marelui Meteor", care avea să-și păstreze în continuare rolul de îndrumător spiritual și de supraveghetor la buna administrare a Sfintei Mănăstiri „Rousanou".
Testamentul ctitorilor Ioasaf și Maxim, pe care Biserica Ortodoxă îi cinstește ca Sfinți în fiecare an, la data de 7 august, adică în ziua următoare a prăznuirii Schimbării la Față a Mântuitorului Iisus Hristos, a fost redactat în anul 1545, după un model asemănător întocmit de Înaltpreasfințitul Visarion al II-lea, Sfânt Mitropolit de Larisa, și după un altul, lăsat de preacuvioșii ctitori ai Sfintei Mănăstiri „Varlaam", Sfinții Nectarie și Teofan, cinstiți la 17 mai.
Cei ce vor viețui aici să folosească totul în comun. Comună să le fie îmbrăcămintea și încălțămintea, la fel ca și voința. Să trăiască laolaltă, fiecare arătând, înainte de toate, respectul cuvenit față de ceilalți, așa cum ne învață Sfântul Apostol Pavel, vasul ales al lui Hristos. Fie în mănăstire, fie în afara acesteia, niciunul dintre voi să nu se considere nici mai mic, dar nici mai mare decât ceilalți, și toți să trăiască uniți în dragoste și adevăr, asemeni unui suflet în mai multe trupuri (fragment din Testamentul ctitorilor Sfintei Mănăstiri „Rousanou").
Un interes deosebit îl prezintă și singura icoană existentă a ctitorilor Sfintei Mănăstiri, realizată în stil laic și datând din secolul al XVII-lea. În icoană, Sfinții Ioasaf și Maxim sunt înfățișați ținând în mâini biserica mănăstirească, ctitoria lor. În perioada 1975-1995, icoana a fost dusă spre păstrare la Sfânta Mănăstire „Varlaam", pentru ca începând cu anul 1995 să fie restituită Sfintei Mănăstiri „Rousanou".
Finalizarea lucrărilor începute de ctitori a fost asumată și continuată de ieromonahul Arsenie, cel mai probabil următorul egumen al Sfintei Mănăstiri. În perioada stăreției lui Arsenie, mai precis în anul 1560, un pictor cretan pe nume Tzortzis sau Zorzis a finalizat și pictura bisericii. În aceeași perioadă, în cadrul mănăstirii a funcționat și un atelier de copiere a cărților, care deservea în special nevoile membrilor comunității.
Pe parcursul secolului al XVI-lea și la începutul secolului al XVII-lea, Sfânta Mănăstire „Rousanou" a cunoscut o perioadă de maximă înflorire, fiind integrată într-un program de renovare și restaurare. Cu toate acestea, în anii ce au urmat acestei refaceri, mănăstirea a cunoscut din nou declinul. Astfel, datorită situației economice precare, monahii de aici au fost nevoiți să peregrineze atât în spațiul elen, cât și în afara acestuia, cu scopul de a aduna milostenii, practică la care recurseseră și alte mănăstiri de la Meteora sau de la Muntele Athos.
Declinul economic și reducerea numărului de monahi nevoitori în mănăstire au continuat și pe parcursul secolului al XVIII-lea. Situația era, însă, la fel de grea pentru întreaga regiune a Tesaliei, mai ales datorită regimului administrativ impus în acea epocă grecilor, a războaielor ruso-turce, a năvălirilor turc-albanezilor, precum și datorită trecerii zonei sub jurisdicția lui Ali Pașa, care a procedat imediat la mărirea dărilor. Cel mai probabil, alcătuită din tot mai puțini călugări, comunitatea monahală de la Sfânta Mănăstire „Rousanou" s-a stins de-a lungul timpului.
La începutul anului 1745, Sfânta Mănăstire „Rousanou" era vizitată de monahul pelerin Vasily Grigorovich Barsky, ucrainean la origine, care a transpus pe hârtie, sub formă de schiță, planul acesteia.
La începutul secolului al XIX-lea, ca urmare a eșecului înregistrat de mișcarea revoluționară inițiată în anul 1808 de preotul Eftimie Vlachavas, relațiile comunităților monahale de la Meteora cu Ali Pașa s-au înrăutățit brusc. Ulterior, mănăstirea a fost supusă unor noi violențe și în urma Revoluției elene de la 1821, precum și pe durata răscoalelor din Tesalia, din anii 1854, respectiv 1878.
Pe parcursul secolului al XIX-lea, mănăstirea a fost vizitată de diverși pelerini străini. De la aceștia aflăm că, în acea perioadă, monahii care se încumetau să se nevoiască la mănăstire erau tot mai puțini la număr sau înaintați în vârstă, mănăstirea rămânând, în dese rânduri, chiar nelocuită.
Pentru a ușura accesul către mănăstire, Ghedeon, egumenul de atunci, a construit în anul 1868 două podețe de lemn, astfel că, în timp, celelalte modalități de acces și transport al proviziilor au fost date uitării.
Ca urmare a reducerii numărului de monahi nevoitori în mănăstire, precum și a dificultăților de natură economică, la 16 ianuarie 1884, mănăstirea a fost transformată în metoc al Mănăstirii „Sfânta Treime". Astfel, în anii ce au urmat, de lucrările de întreținere, puține la număr, necesare Sfintei Mănăstiri "Rousanou", precum și de valorificarea averii drastic restrânse a acesteia, s-au ocupat monahii mănăstirii chiriarhice.
În urma conflictului eleno-turc din 1897, Sfânta Mănăstire „Rousanou" a folosit drept refugiu pentru mulți dintre locuitorii zonei Trikalei.
Cea mai mare provocare a fost întâmpinată, însă, de mănăstire pe parcursul secolului al XIX-lea și la începutul secolului al XX-lea, din cauza lipsei monahilor, rezultatul fiind părăginirea și, în final, ruinarea acesteia.
La 25 iulie 1927, un pelerin nota că cele două podețe de acces, confecționate din lemn, erau șubrezite și gata să se prăbușească. La mănăstire viețuia, pe atunci, o maică, care îndeplinea atribuții de paznic și se îngrijea de aprinderea candelelor. Hrisant Athanasiou, ultimul monah viețuitor în mănăstirea de pe stânca lui Rousanou, se mutase la Domnul cu câțiva ani mai devreme.
În anul 1930, în urma donației făcute de Dafni Bouka, credincioasă din localitatea Kastoria, au fost construite noi trepte de acces și confecționate și două mici podețe din metal, ușurându-se, astfel, pelerinilor accesul spre mănăstire. Se înlocuiau, așadar, podețele de lemn confecționate în 1868, de acum șubrezite, după cum am arătat deja.
În paragină și pustie, mănăstirea a căzut, în anii ocupației fasciste (1941-1944), pradă hoților. Astfel, în această perioadă au dispărut de aici relicve de preț și codice manuscrise de valoare inestimabilă, la fel cum s-a întâmplat și în alte Sfinte Mănăstiri de la Meteora.
În anul 1950, în mănăstire s-a mutat maica Casiana Dimitriadou, până atunci stareță a Mănăstirii „Sfântul Gherasim", de loc din localitatea Kefallinia. Acesteia i s-a alăturat ulterior Kyriaki Bouka, de loc din satul Kastraki. Monahia Casiana s-a mutat, însă, la Domnul, la data de 13 august 1955, singura viețuitoare în mănăstire rămânând de acum Kyriaki Bouka. Aceasta a manifestat, însă, un zel remarcabil în refacerea, fie și elementară, a clădirilor mănăstirii și nu numai, străduindu-se, în același timp, să asigure și pelerinilor condiții corespunzătoare de ședere. Cu puțin înainte de trecerea la cele veșnice, în data de 26 ianuarie 1971, Maica Kyriaki a îmbrăcat Schima Mare, primid numele de Eusebia.
Unicul viețuitor și stareț al Sfintei Mănăstiri „Rousanou", până la data de 5 decembrie 1974, a fost ieromonahul Varlaam Hrisostom (Tetsios), fost membru al comunității monahale a Sfintei Mănăstiri „Varlaam".
În perioada 1974-1985, sub patronajul Direcției nr. 7 a Monumentelor Bizantine, așezământul a intrat în lucrări de renovare și reconstrucție. Din octombrie 1984 și pentru aproape doi ani, până în 1985, stareț al Sfintei Mănăstiri a fost numit arhimandritul Natanael Katsikas, originar din Peloponez, a cărui contribuție la refacerea mănăstirii a fost, de asemenea, semnificativă. În anul 1986 și pentru o scurtă perioadă de timp, la mănăstire au ales să se nevoiască două măicuțe din obștea Sfintei Mănăstiri cu hramul „Adormirea Maicii Domnului" Korbovou, Langadia, pentru ca în perioada 1987-1988 mănăstirea să rămână, din nou, închisă.
Provocarea cea mai mare cu care s-au confruntat dintotdeauna monahii care au încercat să se nevoiască, fie și temporar, în mănăstire, a fost lipsa spațiului. Complexul monahal acoperă întreaga suprafață a stâncii pe care a fost construit și nu mai existau posibilități de extindere.
De aceea, la 17 octombrie 1988, urmându-se exemplul Mănăstirii „Sfântul Ștefan", până atunci mănăstire de călugări, Sfânta Mănăstire „Rousanou" a fost transformată oficial dintr-o mănăstire de călugări într-una de călugărițe, fiind aduse maici de la Sfânta Mănăstire „Adormirea Maicii Domnului" din Stagiades, în frunte cu maica stareță Filofteia (Kosvyra). Se reușea, astfel, în spiritul testamentului și al soluțiilor propuse chiar de ctitori, revigorarea vieții de obște din mănăstire, oferindu-se, totodată, Sfintei Mănăstiri un nou avânt material și spiritual.
Fără să mai stea pe gânduri, noua obște de maici a trecut la reorganizarea, întreținerea și restaurarea Sfintei Mănăstiri, pe jumătate în paragină. Nu a trecut, însă, prea mult timp și noile locatare s-au confruntat, la rândul lor, cu lipsa de spațiu. Cum era firesc, pentru a putea rezista mai ales din punct de vedere duhovnicesc, măicuțele aveau nevoie de spațiu propriu, departe de privirile pelerinilor. S-a luat, astfel, hotărârea de a se construi, pe latura estică a stâncii și începând de la baza acesteia, o nouă aripă. Fără îndoială, soluția găsită afecta într-o oarecare măsură aspectul arhitectural al mănăstirii. Era, totuși, unica rezolvare posibilă, pentru ca lăcașul mănăstiresc să-și continue istoria de veacuri și să nu rămână din nou pustiu și în paragină, așa cum se întâmplase cu atâtea lăcașuri sfinte din vecinătate.
Ridicată pe locul vechiului grajd al mănăstirii, ale cărui vestigii au fost descoperite cu această ocazie, noua aripă de trei etaje a fost sfințită la 22 octombrie 1996, de către vrednicul de pomenire Mitropolit Serafim de Stagon și Meteore. Această aripă adăpostește azi paraclisul cu hramul „Nașterea Maicii Domnului", mai multe chilii, trapeza, arhondaricul, un salon de convalescență pentru măicuțele bolnave, biblioteca și diferite ateliere în care monahiile exersează arta icoanelor, a croitoriei de veșminte și a broderiei în fir de aur.
Comunitatea monahală de la „Rousanou" se simte profund recunoscătoare îndrăgitului Ierarh fericit întru pomenire Serafim, cel care, asemeni unui părinte plin de afecțiune, a înconjurat-o cu deosebită dragoste și grijă. Îndrumarea înțeleaptă și sprijinul acordat de acesta au contribuit din plin și hotărâtor atât la refacerea clădirilor mănăstirii, cât mai ales la formarea duhovnicească a maicilor ce se nevoiesc aici.